Vì chỉ có nhãn thuật của tộc Uchiha mới thao túng được
cửu vĩ hồ, nên những kẻ đứng đầu làng lá đã nghi ngờ tộc Uchiha đứng
đằng sau vụ tấn công đó. Thực chất đó chỉ là thảm họa ngẫu nhiên, thộc
Uchiha hoàn toàn vô can. Nhưng tộc Senju quá đa nghi, cho rằng tộc
Uchiha đang có âm mưu nổi loạn. Sau đó tộc Uchiha càng bị giám sát chặt
chẽ hơn. Họ bị ép phải sống ở một nơi xó xỉnh trong làng và bị cô lập
hoàn toàn. Hokage đệ tam là người duy nhất không tán đồng chuyện đó,
nhưng lại không thể thuyết phục được Danzou và những người kia. Đến
phút cuối chẳng có ai tin tưởng tộc Uchiha, rồi sự phân biệt đối xử
ngày càng rõ rệt. Bị coi là kẻ ngoại cuộc và sự hoài nghi đó rồi cũng
thành sự thật, tộc Uchiha đã đoàn kết lại và vạch ra một kế hoạch táo
bạo nhằm lật đổ làng lá. Thế nên những kẻ đứng đầu làng lá đã cài nội
gián vào nhà Uchiha. Họ đã chọn Uchiha Itachi, và từ đó bắt đầu chuỗi
ngày địa ngục của Itachi...
Cha của Sasuke - Fugaku chính là người đứng đầu kế hoạch đó. Và Itachi
được lệnh gia nhập vào ám bộ để làm gián điệp. Nhưng thực tế lại trái
ngược, Itachi đã báo cho làng lá mọi thông tin nội bộ của tộc Uchiha, và
trở thành điệp viên hai mang. Không thể tả hết nỗi thống khổ mà
hắn đang mang. Trong cuộc đại ciến ninja lần thứ 3, Itachi đã
phải chứng kiến rất nhiều cái chết kh chỉ mới 4 tuổi. Còn
quá nhỏ đã phải trải qua chiến tranh... đối với Itachi, chiến
tranh chính là địa ngục. Nỗi ám ảnh đó đã biến Itachi thành
một người vô cùng căm ghét chiến tranh và xung đột, và chỉ
biết chiến đấu vì sự bình yên và thịnh vượng của dân làng...
Dù có phải chối bỏ cả gia đinh, hắn rất yêu làng. Kẻ đứng
đầu làng lá đã biết và lợi dụng chính điều đó để sai khiến
Itachi. Hắn đã giao cho Itachi một nhiệm vụ bí mật, dùng nhãn
thuật đấu với nhãn thuật, chỉ có kẻ nào có sharingan mới có
thể đấu với nhà Uchiha. Quả đúng là như vậy, nhiệm vụ bí
mật đó là: TIÊU DIỆT TOÀN BỘ GIA TỘC UCHIHA. Thật không thể
hiểu nổi, lúc đó Itachi đang suy nghĩ cái gì, nhưng hắn đã
phải đối diện với một lựa chọn khủng khiếp, và không hiểu
sao hắn lại chọn phản bội gia tộc. Nhưng quả thật nếu tộc
Uchiha mà bắt đầu cuộc nội chiến, thì sẽ làm rung chuyển cả
hỏa quốc. Tạo nên cơ hội để các quốc gia khác tấn công, và
tất nhiên sẽ làm bùng nổ cuộc nội chiến ninja lần thứ tư.
Không lẽ chỉ vì lợi ích của tộc Uchiha mà khiến bao kẻ vô can
phải chết. Và Itachi đã quyết định, chính tay mình khép lại
trang lịch sử của dòng tộc Uchiha. Hắn không muốn oán thù cứ
tiếp nối, hắn không còn cách nào hết. Vì tương là tất cả,
Itachi... đã chấp nhận hết mọi tội lỗi về mình mà không một
ai biết đến sự hi sinh đó. Còn lúc đó... Madara lại đang tìm
cách để đốt lửa chiến tranh. Hắn muốn cả làng lá và tộc
Uchiha phải trả giá. Nhưng rồi Itachi đã phát hiện ra, hắn là
người duy nhất biết Madara còn sống. Itachi đã tiếp cận và đưa
ra lời yêu cầu với Madara, là sẽ giúp hắn trở về trả thù
tộc Uchihh, nhưng với điều kiện là không được tổn hải đến sự
bình yên của làng. Và hắn đã đồng ý. Nhưng Hokage đệ tam thì
lại có ý đồ khác. Ông ta cố gắng thuyết phúc mọi người hòa
chiến với tộc Uchihha. Nhưng thời gian không cho phép, và ông ta
đã thất bại. Rồi cuối cùng đêm đó cũng đã đến. Đó là nhiệm
vụ của Itachi: tiêu diệt gia tộc, rồi ôm nỗi ô danh đó rời
khỏi làng. Itachi đã hoàn thành nhiệm vụ một cách xuất sắc,
trừ một rắc rối nhỏ, hắn không thể giết đứa em ruột của
mình. Sau đó Itachi đã xin Hokage đệ tam bảo vệ Sasuke khỏi tay
Danzou và hội đồng. Và trước khi rời làng không quên nhắn nhủ
với Danzou: "Nếu ông dám động vào một sợi tóc của Sasuke, thì
ta sẽ tiết lộ tất cả bí mật của làng cho quốc gia địch!"...
Hắn đã kích lên ngọn lửa mong muốn trả thù trong Sasuke, để
cậu mạnh mẽ hơn. Hắn muốn cậu ấy tin rằng... Uchiha là một gia
tộc đáng tự hào của làng lá. Nên đã cầu xin Hokage đệ tam
đừng tiết lộ sự thật đó cho cậu. Lúc rời khỏi làng cũng là
lúc Itachi bắt đầu tính toán kế hoạc chết dưới tay Sasuke, để
cậu ấy nhận được sức mạnh mới. Itachi đã tính toán kỹ
lưỡng cho trận chiến đó từ lâu, hắn đã cố gắng đóng vai kẻ
muốn lấy đôi mắt Sasuke đến phút cuối. Sau khi ôm tội danh quá
lớn đó rời làng, hắn gia nhập Akatsuki để theo dõi mối nguy
hại và để bảo vệ làng lá từ bên trong tổ chức. Khi Hokage đệ
tam, người đã hứa bảo vệ Sasuke qua đời... Itachi lập tức quay
về làng vì muốn cảnh báo cho Danzou và các trưởng lão làng
lá là: "Ta vẫn còn sống!" Đối với Itachi, Sasuke còn quan
trọng hơn cả ngôi làng đó. Cho đến lúc chết và ngay cả bản
thân cái chết đó cũng vì muốn trao cho Sasuke sức mạnh mới.
Nếu để Sasuke giết Itachi và trả thù cho gia tộc Uchiha thì
cậu sẽ trở thành anh hùng của làng lá. Itachi vốn đã cảm
thấy cái chết cận kề với căn bệnh trong người, hắn đã dùng
mọi loại thuốc để kéo dài mạng sống. Tất cả vì đứa em trai
yêu quý...
Theo truyện Naruto (chapter 397-401)